En Octubre de 1966, el profesor Michel Francois, en su carácter de Secretario General del Comité Internacional de Ciencias Históricas, organismo que ya entonces agrupaba a la mayor parte de las asociaciones de historiadores existentes en el mundo, señaló al profesor J. Ignacio Rubio Mañé -en esa época presidente de la Comisión de Historia del Instituto Panamericano de Geografía e Historia- la conveniencia de que los historiadores mexicanos formaran su propio Comité Nacional y que este se integrara al Comité Internacional, con el fin de que hubiera una representación mexicana en dicho Comité. Esta sugerencia encontró apoyo inmediato y el 24 de Noviembre de 1966, en la sala de la Biblioteca del Archivo General de la Nación, quedó integrado el Comité Mexicano de Ciencias Históricas, formando parte de él representantes del Archivo General de la Nación, la UNAM, El Colegio de México y la Universidad Iberoamericana. La directiva del primer Comité Mexicano de Ciencias Históricas fue la siguiente: Presidente, Lic. Alfonso García Ruiz; Secretario, Lic. Tarsicio García Díaz; Mtro. Luis González; Prof. J. Ignacio Rubio Mañé, Prof. Roberto Moreno de los Arcos, Lic. Enrique Semo.

No fue sino en 1975 en que aumentó su presencia bajo la dirección del Dr. Enrique Florescano quien tuvo como activos colaboradores a la Mtra. Beatriz Ruiz Gaytán y al Dr. Bernardo García Martínez. Después fue presidido por el Dr. Alvaro Matute. La Mtra. María Teresa Franco que lo sucedió 1982 y dirigió el Comité hasta 1989. Contó con un grupo de activos miembros entre los que se destacaron Virginia Guedea, Juan Luis Mutiozábal, Josefina Z. Vázquez, Leonor Ortiz Monasterio, Elisa García Barragán, Andrés Lira, Aurora Flores Olea, Juan Fidel Zorrilla.

Para suceder a la Mtra. Franco fue elegido el Dr. Hira de Gortari, quien contó con la colaboración de Alicia Hernández, Aurora Flores Olea, Luis González, Virginia Guedea, Rita Eder, Antonio Saborit, María Isabel Monroy, Briggitte Boehm y Ricardo Pozas Horcasitas. En 1994 asumió la presidencia del Comité el Dr. Andrés Lira con quien han colaborado Guillermo ZermeÒo, Valentina Torres, Aurora Flores Olea, Rita Eder, Briggitte Bohem, Ricardo Pozas, María Isabel Monroy, Gisela von Wobeser, Manuel Ramos y Carmen Blázquez.

Posteriormente la Mesa Directiva estuvo conformada por Valentina Torres Septién, Norma Mereles de Ogarrio, Alicia Gojman de Backal, Tomás Calvillo Unna, Javier Garcíadiego, Virginia Guedea Rincón Gallardo, Manuel Ramos Medina, Salvador rueda Smithers y Gerardo Sánchez Díaz.

Entre 2003 y 2007 la Mesa Directiva estuvo formada por Josefina Zoraida Vázquez, Verónica Zárate Toscano, Manuel Ramos Medina, María Teresa Jarquín, Gerardo Sánchez Díaz, Laura Hernández Montemayor, Ilán Semo, Ruth Arboleyda, Virginia Guedea y Juan Ortiz.

La actual mesa directiva, electa en la Asamblea General Anual, celebrada el 6 de agosto de 2007 se integra por Verónica Zárate Toscano, María Teresa Jarquín, Josefina Zoraida Vázquez, Ilán Semo, Alicia Mayer, María Isabel Monroy, Martín Sánchez, Oscar Flores, David Navarrete y Guadalupe Curiel Defosse.

El Comité Mexicano ha publicado directorios de historiadores y catálogos de tesis de historia presentadas en las instituciones de todo el país, biobibliografías (María del Carmen Velázquez, Silvio Zavala, Edmundo O'Gorman y Juan A. Ortega y Medina) y un registro nacional de instituciones dedicadas a los estudios históricos. Publica mensualmente un Boletín con información interesante para los profesionales de la historia.

Deben destacarse los premios anuales a los mejores artículos y reseñas publicados en revistas mexicanas, que se vienen otorgando desde 1979 y que han constituido un reconocimiento y estímulo para los investigadores.